Für allgemeine Kombinatorik mit einigen biologischen Beispielen empfiehlt sich das Skript von Prof. Cieslik: http://stubber.math-inf.uni-greifswald.de/biomathematik/cieslik/bmlight.pdf
Für Grundlagen der phylogenetischen Kombinatorik sind die einführenden Kapitel des Buches "Phylogenetics" von Charles Semple und Mike Steel (Oxford Lecture Series in Mathematics and its Applications, ISBN: 0198509421), zu empfehlen.
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